Działania Programu REKARTON opierały się na współpracy przedsiębiorców zajmujących się produkcją płynnej żywności pakowanej w kartony, dostawców materiału opakowaniowego, jednostek samorządu terytorialnego, zakładów zajmujących się zbieraniem i sortowaniem odpadów, recyklerów i innych podmiotów działających w obszarze zagospodarowywania odpadów komunalnych.
Środki na finansowanie Programu REKARTON były pozyskiwane w formie dobrowolnej dopłaty recyklingowej od firm, które wytwarzają produkty pakowane w kartony do płynnej żywności (głównie mleko, soki oraz napoje).
Aby Program REKARTON mógł w pełni funkcjonować niezbędne było nadanie mu formy prawnej. Zdecydowano się więc na inkorporowanie Programu do struktur organizacyjno prawnych sygnatariusza Dobrowolnego Porozumienia – Krajowej Izby Gospodarczej Przemsyłu Spożywczego i Opakowań, gdzie Program REKARTON działał w latach 2007-2013.
Kontrolę nad funkcjonowaniem Programu sprawowała Rada Porozumienia, która opracowywała roczne plany działania oraz określała na każdy kolejny rok wysokość dopłaty recyklingowej za tonę kartonów do mleka i soków wprowadzonych na rynek.